Najznačajnija prosvetno-naučna saradnja između Jugoslavije i Sjedinjenih Država ostvarena je u okviru Fulbrajtovog programa. Sporazum o uključivanju Jugoslavije u Fulbrajtov program razmene u oblasti obrazovanja potpisan je 9. novembra 1964. godine u Beogradu, čime je Jugoslavija postala 49. država na koju je program proširen. Sporazum je u ime Vlade Sjedinjenih Država potpisao ambasador SAD Čarls Berk Elbrik, a u ime Vlade SFRJ savezni sekretar za prosvetu i kulturu Janez Vipotnik. Potpisivanju je prisustvovao i sam senator Fulbrajt, što je bio prvi put da je sam osnivač programa prisutan prilikom ceremonije uspostavljanja programa.
Kandidati su birani od strane Komisije za prosvetnu razmenu između Jugoslavije i Sjedienjenih Država sa sedištem u Beogradu, koju je činilo osam članova – po četiri predstavnika iz obe države. Jugoslavija je na taj način postala prva i jedina socijalistička država sa dvonacionalnom komisijom. Program je nadgledao izvršni direktor, Jugosloven, dok je komisijom predsedavao Amerikanac.
Iako se prvobitno očekivalo da će se razmenjivati između 20 i 30 učesnika godišnje, ove brojke su se veoma brzo utrostručile. Tokom čitavog perioda hladnog rata program sa Jugoslavijom bio je ubedljivo najveći u odnosu na sve ostale zemlje Istočne Evrope, te je u periodu od uspostavljanja sporazuma do 1991. godine jugoslovenskim građanima dodeljeno 1768, a američkim za boravak u Jugoslaviji 766 stipendija (ukupno 2534 stipendije). Program sa Jugoslavijom vremenom je postao drugi najveći u Evropi, odmah iza onog sa Saveznom Republikom Nemačkom, odnosno treći u svetu, iza Indije i SR Nemačke.
Već 1965. dogovoreno je „da se program orijentiše na ona naučna područja koja će [Jugoslaviji] doneti najviše koristi“, ali su uprkos tome različite težnje i želje američke i jugoslavenske strane bile vidljive od samog početka. Američka strana je tako do kraja davala veći prioritet društvenim, a jugoslovenska tehnološkim i prirodnim naukama.
Za Jugoslaviju, program je bio vitalni kanal za moderne akademske i kulturne uticaje tokom Hladnog rata, vremena kada je zemlja vodila nesvrstanu spoljnu politiku. To je omogućilo jugoslovenskim učesnicima pristup najnovijim dostignućima u nauci, tehnologiji, humanističkim naukama i umetnosti, pomažući da se ojačaju akademske institucije u zemlji. Fulbrajtov program je susretima akademskih građana doprineo i međusobnom razumevanju jugoslovenskog i američkog društv, a posebno je omogućio Amerikancima da steknu dublje razumevanje položaja Jugoslavije u Hladnom ratu – različitog i od zapadnog i od istočnog bloka. Ova razmena je podstakla međunarodni dijalog i unapredila kulturne odnose, pokazujući da obrazovanje i zajedničko znanje mogu da prevaziđu političke razlike.
Uprkos velikom značaju programa za odnose dve države, sa početkom rata u Jugoslaviji, SAD je prestala da šalje svoje građane na školovanje i istraživanje u Jugoslaviju. Ipak, Komisija za prosvetnu razmenu SFRJ i SAD je, uprkos ratu i činjenici da je Savet bezbednosti Ujedinjenih nacija uveo sankcije Saveznoj Republici Jugoslaviji krajem maja 1992, nastavila da funkcioniše do polovine te godine kada je Stejt department i definitivno doneo odluku o prekidu programa u Jugoslaviji.
